是以建立健全流通领域和畜禽屠宰加工行业食品安全保障体系为目的，以严格市场准入制度为核心，以“提倡绿色消费、培育绿色市场、开辟绿色通道”为主要内容的系统工程。
自1999年内贸部发起，由6部门—8部门—11部门—13部门。目前由商务部、中宣部、科技部、财政部、铁道部、交通部、卫生部、工商总局、环保总局、食品药品监管局、全国供销总社、国家认监委、国家标准委等13个部门联合实施。
成立了由13部门联合组成的全国三绿工程工作领导小组，下设全国三绿工程工作办公室（设在商务部市场运行司），各地也成立了相应的组织机构。
根据国务院23号文确定的部门分工原则，13部门进一步理顺了管理职能。商务部门牵头组织实施三绿工程，主要负责食品流通、消费和畜禽屠宰加工环节的行业管理和屠宰执法工作，重点负责培育绿色市场、提倡绿色消费工作；宣传部门重点组织协调三绿工程的宣传报道工作；科技部门负责组织研发和推广食品安全的新技术、新产品；财政部门负责落实财政扶持政策；铁道、交通部门重点负责开辟鲜活农产品流通绿色通道工作；工商部门负责食品流通环节的执法监督；卫生部门负责食品生产经营企业的卫生许可和餐饮业、食堂等消费环节的执法监督；环保部门重点负责组织农产品有关环境监测、质量评价和监督管理；食品药品监管部门负责对食品安全的综合监督、组织协调和依法查处重大事故；国家认监委会同商务部负责绿色市场认证及其监督管理工作；国家标准委重点负责建立健全“三绿工程”的标准体系；全国供销总社主要负责搞活农村农产品流通。
由商务部会同中央12部门联合实施的“三绿工程”，运用需求供给理论和现代流通引导生产、指导消费的理论，按照 “反弹琵琶”的思路，先从提倡绿色消费抓起，通过培育绿色市场、开辟绿色通道，从而引导绿色生产，实现对从“农田到餐桌”的全过程控制。实践证明，这是我国解决食品安全问题的一种管理方法创新。六年来，三绿工程为保障包括我国流通领域食品安全，开展了一系列活动，做了大量工作，取得了明显成效。
提倡绿色消费，是保障食品安全的重要前提。商务部会同有关部门加强了绿色消费知识宣传，提高食品安全意识。全国三绿工程工作办公室先后召开6次新闻发布会，启动了全国三绿工程宣传月活动；举办了中国三绿工程博览会，展示三绿工程工作成果；建立了全国三绿工程暨食品安全信息网；推介全国三绿工程肉类、蔬菜、酒类畅销品牌33个；编印了《三绿工程知识读本》、《绿色消费指南》和大型图片招贴画，组编了绿色食品、食品检测、选购与消费等21本三绿工程科普宣传系列丛书，免费发放各地；制作了《一切为了人民的利益》、《让老百姓买的放心吃的安心》等专题片，在各地滚动播出。
新华社、人民日报、中央电视台等100多家媒体对此进行了系列宣传报道。据Google网站统计，目前新闻媒体宣传三绿工程及食品安全相关内容已达717万条。通过宣传，老百姓消费者对食品安全的关注度明显提高，购买食品选择标准由“价格优先”转向“质量和价格并重”，据调查，74.4％的农村消费者已经关注食品安全问题。
培育绿色市场，是保障食品安全的有力后盾。食品从农田到消费者餐桌的主要途径是各种交易市场，因此加强市场管理、严格市场准入对于保障食品安全尤为重要。
商务部会同有关部门先后印发了《关于组织实施“三绿工程”的通知》、《关于进一步做好“三绿工程”工作的意见》，发布了《三绿工程五年发展纲要》。大力推行认证、检测、索证、索票、信用档案、场厂（地）挂钩等准入制度，积极培育绿色市场。制定了《农副产品绿色零售市场》和《农副产品绿色批发市场》两个标准；发布了《绿色市场认证管理办法》及其实施细则，全面启动绿色市场认证，截止目前已有厦门银祥集团有限公司猪肉专卖店等40余家农副产品市场通过了国家绿色市场认证。确定了56个单位作为定点检测机构，大力推进了企业自检制度。以肉、酒、菜为重点，建立了200多家企业的食品安全信用档案。针对流通领域食品安全状况，先后多次开展了全国性的食品安全专项调查，形成了《超市食品安全状况调查报告》和《我国流通领域食品安全状况的调查报告》。
形成了以点带面，稳步推进的工作机制，分期分批开展三绿工程企业试点工作，确定了244个全国三绿工程样板单位、达标单位、争创单位，充分发挥各试点单位的示范效应，有效地推进了三绿工程的深入开展。
开辟绿色通道，为食品的快速流通提供方便。绿色通道的开通，不仅降低了运输成本，提高了运输效率，使鲜活农产品的流通量大幅提高，同时也为农村居民吃上外地的安全食品提供了便利。目前，我国已开通全国铁路、公路绿色通道20多条，总里程达6.7万多公里，省际间绿色通道130多条、省市内绿色通道210多条，总里程达4万多公里，初步形成了四通八达的高效快捷、无污染的绿色通道网。
为了尽快将鲜活食品送到全国各地，铁道部对鲜活货物运输实行“优先受理、优先下达货运计划、优先装车和优先挂运”等一系列特殊政策，形成了联结全国80多个大中城市的铁路快速货运网络。交通部以现有国道网为基础，在全国建立“五纵二横”的绿色通道网络，总里程达2.7万公里，可直接连通全国29个省会城市，71个地市级城市，262个县级城市，覆盖了全国重要鲜活农产品生产基地和销售市场，保障了安全食品的充分供给。
十一五期间三绿工程的工作思路和目标
尽管三绿工程取得阶段性成果，上市食品安全状况总体好转，但面临的形势仍然严峻，食品市场准入和退出机制尚未全面形成，上市销售食品仍存在安全隐患。私屠滥宰、假酒屡禁不止，消费者对食品安全的满意度仍低于50％。为提高上市销售食品安全水平，十一五期间要下大力气推进三绿工程。
（一）工作思路
以保障消费安全为目的，推动树立科学的消费观，统筹实施食品安全、人类健康、社会信用、企业文化、资源节约、环境保护等综合措施，全面推行包装、标签、标识、索证、索票、检测、认定、认证等市场准入制度，按照“反弹琵琶”的思路，从提倡绿色消费抓起，积极培育绿色市场，大力开辟绿色通道，引导绿色生产，建设资源节约型社会，发展循环经济，实现人与自然、经济与社会的和谐发展。
（二）主要任务
总体上是建立健全保障食品安全、合理使用和节约资源、保护环境、促进可持续消费的法制保障、技术支撑、政策扶持、社会信用、组织保障和舆论监督六大体系。具体任务：通过宣传和政策引导，使政府、企业、消费者增强食品安全、资源节约和环境保护意识，树立科学的消费观，确立人与自然、经济与社会的和谐发展的科学消费模式；加快培育和发展绿色市场，严把市场关，尽快形成具有保障食品卫生质量、有利于合理使用和节约资源、符合环保要求的销售网络体系；继续大力开辟绿色通道，形成全国范围内高效率鲜活农产品流通网络。
（三）工作目标
在财政资金的支持下，从2006年起，力争用5年左右时间，使绝大多数城镇居民形成有利于食品安全、资源节约和环境保护的消费方式，上市销售食品安全状况明显改善，大中城市农副产品批发市场和生鲜食品超市80%以上达到国家绿色市场标准或有关规范要求；80%以上进入绿色通道的食品采取符合封闭、保鲜、冷链等要求运输；100家大型屠宰厂的品牌放心肉在大中城市的市场占有率达到80%以上；大中城市建立溯源制度的酒类经销企业达到90%以上。
（四）三绿工程的下一步工作重点
为贯彻落实国务院关于加强食品安全工作的战略部署和《三绿工程五年发展纲要》，商务部将会同12部门加大农村食品安全工作力度，净化农村食品市场；以培育绿色市场为重点，大力实施食品市场安全准入制度；积极发展新型流通方式，加快推进食品流通现代化。
重点是：
一是加快流通领域食品安全法制建设。按照三绿工程标准体系要求，加快标准制定工作；推动《生猪屠宰管理条例》和《食用农产品市场准入管理办法》尽快出台；贯彻落实《酒类流通管理办法》，实行酒类备案登记和溯源制度；加强酒类流通监督管理机构和屠宰执法队伍建设，做好监督检查工作，严肃查处违法案件。同时，制定《三绿工程工作绩效考核意见》，建立监督、检查、考评和激励机制。
二是建设“食品安全供应链示范项目”。加强与德国政府合作，建设北京-寿光、张家口食品安全供应链示范项目。实施土地测试、农业投入品使用监控、专业人员培训，引导种植、养殖环节标准化生产；加快农产品物流配送、分捡系统建设，推行全过程冷链、保鲜运输，提高农产品流通效率；加快销地农产品批发市场硬件设施改造，运用信息技术严把准入关口，并按照“反弹琵琶”的思路进行全过程质量跟踪控制。
三是实施“百家绿色市场”培育认证计划。按照国家农产品绿色市场标准和酒类批发、零售企业经营规范，加快市场交易环境的改造升级，全面落实进货检查验收、索证索票、购销台账等制度，大力推进包装化、品牌化经营，深入开展各种达标升级活动。并在此基础上，按照商务部、国家认监委的有关认证办法，积极组织第三方认证机构开展农产品绿色市场和国家酒类达标示范认证，并运用信息技术建立酒类流通安全跟踪溯源系统。
四是实施“百家放心肉示范厂”培育认证计划。积极推行机械化屠宰，加大屠宰加工企业有关屠宰设备和冷链运输设施的技术改造力度；加强生猪屠宰管理能力建设，进一步完善企业食品安全卫生质量控制系统，提升企业检测瘦肉精、病害肉、重金属的能力；实施病害肉无害化处理行动计划，严格实行不合格食品的退市、召回、销毁制度，保障上市肉品卫生质量安全；积极支持大型屠宰加工企业发展放心肉品牌店，推动品牌放心肉在全国范围内大流通；运用现代信息技术，建立肉品安全全程监控系统，保障肉类消费安全。
五是建设流通环节食品安全公共检测系统。提高地方商务部门在食品安全方面的管理和公共服务能力，为广大消费者提供公共检测服务。同时，委托具有法定检测机构定期对省会以上城市的上市销售食品所含农药残留、兽约残留和重金属状况进行监测，并向有关政府和生产源头反馈监测结果，从而促进各地加强和改善食品安全工作。
六是推进“绿色消费进万家”。深入开展宣传月、宣传周、宣传日活动及各种食品安全现场咨询活动，与中央电视台等新闻媒体合作，制作三绿工程系列宣传片，编印各种宣传资料，开展“绿色消费”理念和食品安全知识普及教育；以全国三绿工程暨食品安全信用网为依托，建立全国食品原料及其供应主体数据库，推行集团消费食品“阳光采购”，加强安全食品产销衔接；建立监督性抽检和专项整治结果上网发布制度，形成食品安全红名单和黑名单。
七是集中开展消费安全专项整治。定期组织生猪屠宰和食品流通企业开展清仓查库活动，确保上市销售的食品渠道正、品质好、手续全；结合贯彻食品安全、生猪屠宰和酒类流通等法律法规和相关标准，集中开展酒类市场和肉类市场专项整治；针对当前农村市场假冒伪劣食品较多、流通秩序混乱等问题，集中力量进行农村食品市场专项整治，把“农民消费安全”作为三绿工程工作的重要内容。
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